特定保健用食品は、まず医薬品などと同様に各メーカーなどが、それぞれの食品に関して調査し、有効性、安全性、品質などの安定性に関する資料をまとめます。
この資料および製品見本、商品名、原材料の配合割合、製造方法、成分分析表、許可を受けようとする特別用途表示の内容などを記した資料も合わせて、「薬事・食品衛生審議会」および「食品安全委員会」に提出し、厳正に個別の資料内容についての審査が行われます。特定保健用食品は、「食品の保健の効果は個々の食品の組成、成分等を総合的に検討したうえで判断すべきである」という考えから、個別審査が行われるのです。
その結果、内容が適正だと判断された食品に関しては、健康の保持・増進に役立つという「保健用食品」としての表示が許可されます。
1993年に特定保健用食品としての表示許可第1号商品が登場以来、2007年5月現在、678種類の商品が認可され、市場規模は年間で6300億円以上。一時期の急激な成長は落ち着いたものの、それでも右肩上がりで成長を続けています。